Введенные разновидности
Одна из самых больших проблем Галапагос исходит от привезенных на острова людьми разновидностей растений, которые стали вредителями и уничтожают местную флору. Большинство этих разновидностей было привезено специально или для сельскохозяйственных нужд, или для садоводства, и поэтому наиболее остро проблема введенных растений стоит на населенных островах. На островах насчитывалось 475 известных введенных разновидностей к началу 1999 года, и процесс все еще продолжается, приблизительно по 10 разновидностей вводятся на островах каждый год. В настоящее время считается, что введенные разновидности растений превзошли численностью родные разновидности к 2007 году. Приблизительно 40 из них серьезно вредят местной флоре, и еще 70 введенных растений, вероятно, приведут к возникновению проблем в будущем. Например, на острове Санта-Крус самые вредоносные растения - это гуава Psidium guayaba, Lantana camara, разновидности ежевики Rubus niveus, и Хинная корка пубесцерис.
Деревья хинина вторглись в уникальную зону растительности, сформированную местным растением Миконией (Miconia robinsoniana), которое найдено только на двух островах. Хинин затеняет Миконию и, в конечном счете, все другие растения вокруг нее, и таким образом исчезает вся растительная зона. Дерево гуавы, будучи стойким к засухе, может вторгаться, заменяя родные деревья и затенять все низкорослые растения, растущие внизу. Местное дерево Скалезия (Scalesia) вымирает в огромных количествах из-за повреждений, которые наносит островам Эль-Ниньо в дополнение к агрессивному разведению введенных растений, и многие эксперты в настоящее время полагают, что популяция Скалезии никогда не сможет оправиться после событий 1997-1998 годов, поскольку введенная гуава остановила естественный прирост скалезии. Другие разновидности растений, которые вызывают опасению - это цветок страсти, слоновая трава, и каланхое. Нововведенные животные оказывают негативное влияние на местную флору. Козы привели к исчезновению растительности на многих островах и привели к тому, что некоторые разновидности растений на данный момент находятся на грани полного исчезновения. Дикие ослы и рогатый скот также оказывают влияние на распространение эндемичных растений Галапагос, вытаптывая их. Насекомые и другие беспозвоночные - другая проблема локальной экосистемы.